Jan Żabiński nació en Varsovia, hijo de Józef Żabiński y de su esposa Helena de soltera Strzeszewska, quien le inculcó el amor por los animales. Jan se alistó en el naciente ejército polaco en 1919 y participó en la guerra polaco-soviética de 1920, por la que recibió su primera Cruz al Valor.
En la reconstituida Polonia soberana del periodo de entreguerras, Żabiński se convirtió en ingeniero agrónomo con el título de doctor en Zoología. Trabajó en el Instituto de Zoología y Fisiología Animal de la Universidad de Ciencias de la Vida de Varsovia (SGGW), y allí conoció a Antonina Erdman, su futura esposa. Fue el cofundador del zoológico de Varsovia, del que fue director durante una década, desde 1929 hasta la invasión alemana de Polonia en 1939. También enseñó geografía en el instituto privado Kreczmar (pl). En 1937, Żabiński supervisó el nacimiento de «Tuzinka», el duodécimo elefante nacido en cautividad. Tras la liberación de Polonia en 1945, pronto retomó su cargo de director del zoológico de Varsovia, en el que estuvo hasta marzo de 1951. Por su rescate del Holocausto, el presidente Lech Kaczyński le concedió a título póstumo la Cruz de Comandante de la Orden de Polonia Restituta con la Estrella, en 2008. Su esposa Antonina también recibió la Cruz de Comandante.
Actividades clandestinas de Polonia
Tras la toma de Varsovia por los alemanes en septiembre de 1939, Żabiński, director del Zoo, fue nombrado por la nueva administración nazi también superintendente de los parques públicos. Empleado del municipio de Varsovia, se le permitió entrar oficialmente en el gueto de Varsovia, cuando éste se fundó en 1940. Jan y su esposa Antonina comenzaron a ayudar a sus numerosos amigos judíos de inmediato. Aprovechando la oportunidad de visitar el gueto de Varsovia aparentemente para inspeccionar el estado de la flora dentro de los muros del gueto, Żabiński mantuvo el contacto con sus colegas y amigos judíos de antes de la invasión, les ayudó a escapar y a encontrar refugio en el lado «ario» de la ciudad. Entre los muchos judíos a los que salvó se encontraban la escultora Magdalena Gross con su marido Maurycy Paweł Fraenkel, la escritora Rachela Auerbach, Regina y Samuel Kenigswein con sus hijos, Eugenia Sylkes, Marceli Lewi-Łebkowski con su familia, Marysia Aszerówna, la familia Keller, el profesor Ludwik Hirszfeld, así como Leonia e Irena Tenenbaum, esposa e hija del entomólogo Szymon Tenenbaum (asesinado en el gueto), así como muchos otros; la mayoría de los cuales sobrevivieron al Holocausto y lo nominaron para el Premio a los Justos años después.
Durante el asalto aéreo alemán a Varsovia en septiembre de 1939, muchos recintos de animales habían sido vaciados y los especímenes del zoológico llevados a otro lugar. Los Żabińskis decidieron utilizar los corrales, las jaulas y los establos limpios como escondites para los judíos que huían. En el transcurso de tres años, cientos de judíos encontraron refugio temporal en estas jaulas abandonadas en la orilla oriental del río Vístula hasta que encontraron refugio en otro lugar. Además, cerca de una docena de judíos se refugiaron en la casa privada de dos pisos de Żabiński en los terrenos del zoológico. En esta peligrosa empresa contó con la ayuda de su esposa, Antonina, una reconocida escritora, y de su joven hijo, Ryszard, que alimentaron y atendieron las necesidades de los numerosos judíos angustiados a su cargo. Al principio, Żabiński pagaba con sus propios fondos para subvencionar los gastos de manutención; luego se recibió dinero a través de Żegota: Consejo de Ayuda a los Judíos.