La yihad de Sokoto y las guerras yoruba estimularon el comercio de esclavos en un momento en que los británicos intentaban activamente detenerlo. Anteriormente, los esclavos se intercambiaban por productos europeos, especialmente armas y pólvora, pero ahora los británicos fomentaron el comercio de aceite de palma en los estados del delta del Níger, aparentemente para sustituir el comercio de esclavos. Más tarde descubrieron que la demanda de aceite de palma estaba estimulando de hecho un comercio interno de esclavos, ya que éstos se encargaban en gran medida de recoger los frutos de la palma, fabricar el aceite de palma y transportarlo a la costa, ya sea en canoa o con porteadores. El comercio de aceite de palma también estaba vinculado a la yihad de Sokoto y a las guerras yoruba, porque muchos guerreros reconocían la importancia de los esclavos no sólo como soldados y productores de alimentos para alimentar a los soldados, sino también como productores de aceite de palma para comerciar con las armas de los daneses europeos y otros bienes.
Muchos de los esclavos exportados en los años 1820 y 30 fueron interceptados por los barcos de la Marina Real, emancipados y depositados en Sierra Leona bajo la tutela de los misioneros. Algunos de ellos comenzaron a emigrar desde Sierra Leona en busca de hogar y comercio. Invitaron a los misioneros a seguirlos y, en la década de 1840, se pusieron a disposición como agentes que permitían a los misioneros y a los comerciantes británicos acceder a lugares como Lagos, Abeokuta, Calabar, Lokoja, Onitsha, Brass y Bonny. En 1841, los británicos intentaron asentar a algunos egba en una granja modelo en Lokoja, pero el plan fue abortado porque la tasa de mortalidad entre los funcionarios europeos era muy alta. También fue en parte para proteger a los Egba que los británicos bombardearon Lagos en 1851, expulsaron a Kosoko, el oba reinante, y restauraron a su tío, Akitoye, que parecía más dispuesto a unirse a una campaña para abolir el tráfico de esclavos. Los británicos anexionaron Lagos en 1861 para proteger al hijo y sucesor de Akitoye, frustrar el intento de retorno de Kosoko y asegurar una base para nuevas actividades.
Los británicos aún no estaban dispuestos a asumir el gasto de mantener una administración en Nigeria. Para reducir los costes, Lagos fue administrado primero desde Freetown en Sierra Leona, junto con los fuertes de la Costa de Oro como Elmina, y más tarde desde Accra (en la actual Ghana); sólo en 1886 Lagos se convirtió en una colonia independiente. Se mantuvo un cónsul en Fernando Po para supervisar el lucrativo comercio de aceite de palma en la región llamada los Ríos del Petróleo. Los misioneros eran activos: Presbiterianos en Calabar y la Sociedad Misionera de la Iglesia (CMS), metodistas y bautistas en Lagos, Abeokuta, Ibadan, Oyo y Ogbomoso. La CMS fue pionera en el comercio en el Níger al animar al explorador y comerciante escocés Macgregor Laird a dirigir un barco de vapor mensual, que proporcionaba transporte a los agentes misioneros y a los comerciantes de Sierra Leona que subían por el Níger. De este modo, el obispo Samuel Ajayi Crowther -nacido en la zona de Oshogbo, habitada por los yoruba, y el primer africano ordenado por la CMS- pudo establecer estaciones misioneras en Onitsha, Lokoja y Eggan y, más tarde, en Brass y Bonny.
En la década de 1870, el comercio del Níger empezaba a ser rentable y algunas compañías francesas se dieron cuenta. Los misioneros católicos romanos franceses, establecidos en Ouidah (Whydah), llegaron a Lagos y consideraron la posibilidad de realizar una labor misionera en el Níger. Los británicos respondieron a estas pruebas de rivalidad defendiendo su derecho a la libre navegación por el río en la Conferencia de Berlín sobre África Occidental de 1884-85. Al mismo tiempo, George Dashwood Goldie, un empresario británico, compró a todos los rivales franceses y creó la Royal Niger Company (constituida en 1886) para controlar el comercio en el Níger y administrar los inmensos territorios del califato de Sokoto y Borno. Además, se declararon otros dos protectorados, uno sobre los Ríos Petroleros y otro sobre el interior de Lagos, para reivindicar que estas zonas también eran «esferas de interés» británicas
Los límites de los dos protectorados y los territorios de la Real Compañía del Níger eran difíciles de definir, pero la tensión se alivió en 1894 cuando ambas entidades se fusionaron en el Protectorado de la Costa del Níger. La rivalidad entre la Real Compañía del Níger y el Protectorado de Lagos por el límite entre el emirato de Ilorin y el imperio de Ibadan se resolvió con la derogación de los estatutos de la Real Compañía del Níger el 1 de enero de 1900, a cambio de amplias concesiones mineras.
En el norte, Frederick Lugard, el primer alto comisionado del norte de Nigeria, fue fundamental para someter a los emires fulani. Algunos fueron depuestos, otros fueron derrotados en batalla y otros colaboraron. En 1903 la conquista de los emiratos estaba completa. La ciudad de Kano, amurallada con barro, fue capturada en febrero y, tras una vigorosa escaramuza en Kotorkwashi, la capital del sultán, Sokoto, cayó al mes siguiente. Todos los territorios estaban ahora bajo control británico, y comenzó la búsqueda de una identidad, primero como Nigeria del Norte y del Sur y luego con la eventual amalgama.
La penetración británica en Nigeria se encontró con diversas formas de resistencia en todo el país. En el sur, los británicos tuvieron que librar muchas guerras, en particular las guerras contra los Ijebu (un grupo yoruba) en 1892, los Aro de Igbolandia oriental y, hasta 1914, los Aniocha de Igbolandia occidental. En el norte, muchos emiratos no emprendieron acciones militares, pero el califa depuesto, Atahiru I, se rebeló en 1903. Muchos musulmanes recurrieron a la emigración como forma de resistencia, una táctica conocida como hejira, en la que se evita a quienes se percibe como infieles.
La resistencia fue fuerte en Igboland occidental, donde se libraron una serie de guerras contra los británicos. Los Ekumeku, que estaban bien organizados y cuyos líderes estaban unidos por juramentos secretos, utilizaron eficazmente tácticas de guerrilla para atacar a los británicos. Sus fuerzas, formadas por cientos de jóvenes igbo de toda la región, crearon muchos problemas a los británicos, pero éstos utilizaron tácticas de fuerza y armamento pesado (destruyendo casas, granjas y carreteras) para imponerse. Los Ekumeku, sin embargo, se convirtieron en una gran fuente de nacionalismo igbo.
J.F. Ade Ajayi Toyin O. Falola