Youssef nació en Egipto, donde se hizo cristiano, y vivió en el Líbano y Australia antes de trasladarse a Estados Unidos. Durante su estancia en Australia, Youssef estudió en el Moore Theological College de Sidney, se ordenó como ministro y conoció a su esposa, Elizabeth.
Los Youssef emigraron a los Estados Unidos en 1977, y en 1984 Youssef se convirtió en ciudadano estadounidense. Obtuvo títulos adicionales en el Seminario Teológico Fuller de California y en la Universidad Emory de Georgia.
Youssef trabajó durante casi 10 años con el Instituto Haggai, viajando por todo el mundo e impartiendo cursos de evangelización y liderazgo eclesiástico a líderes de iglesias. Fundó la Iglesia de los Apóstoles en 1987. Es autor de más de 35 libros, entre ellos The Barbarians Are Here, End Times and the Secret of the Mahdi, y Jesus, Jihad and Peace.
Youssef fundó Leading The Way en 1988, un ministerio en Atlanta, Georgia, centrado en alcanzar a los musulmanes de Oriente Medio. También es el pastor fundador de la Iglesia de los Apóstoles en Atlanta.
Youssef y su esposa viven en Atlanta y tienen cuatro hijos mayores y ocho nietos.