Parte IEdit
En la mañana del 14 de diciembre de 1997, Trudy Monk está discutiendo con Adrian sobre lo difícil que es guardarle secretos. Le pregunta sobre su última investigación, la desaparición de una comadrona llamada Wendy Stroud. Monk se da cuenta de que hay un regalo bajo su árbol de Navidad, pero Trudy le indica que no lo abra hasta el día de Navidad. Monk nota que ella parece nerviosa. Más tarde, ese mismo día, Trudy acude a una reunión con alguien en un aparcamiento de varios pisos, pero entra en pánico cuando un hombre de seis dedos que la había estado observando emerge de las sombras. Trudy vuelve a su coche, que explota cuando gira la llave.
Monk y el capitán Stottlemeyer interrogan al doctor Malcolm Nash (Ed Begley Jr.), director del Centro de Parto Palgrove donde trabajaba Stroud. Stottlemeyer recibe una llamada telefónica e informa a Monk de que Trudy ha sido asesinada.
En el presente, 2009, Monk se despierta y ve una visión de Trudy ante él, diciéndole que es hora de que se despida de ella y que duerma en medio de la cama, y que «no tardará mucho». Cuando Monk discute esto más tarde ese día con su ayudante Natalie Teeger, descubre que su último caso les lleva de vuelta a la misma clínica de partos en la que estuvo hace 12 años. Aunque Stottlemeyer le ofrece a Monk la posibilidad de no participar en el caso, él insiste en que está bien. La pareja se entera de que el Dr. Nash fue asesinado a tiros mientras digitalizaba los registros de los pacientes. Monk llega a la conclusión de que el asesinato fue cometido por un sicario profesional, y la policía pronto encuentra una huella dactilar parcial que identifica al sospechoso como Joey Kazarinski (John Edward Lee). Buscando una orden de arresto del juez Ethan Rickover (Craig T. Nelson), el grupo escucha a Rickover diciéndole a su esposa que nunca se mudará de su casa, enterándose de que ha sido nominado para la Corte Suprema del Estado.
Esa noche, Kazarinski recibe una llamada telefónica de su empleador, quien le ordena matar a Monk; cuando cuestiona por qué debe hacerlo, su empleador declara que habían matado a Trudy. Al asistir a una cena al día siguiente en casa de Natalie, Monk se pone enfermo. En el hospital, el hematólogo Dr. Matthew Shuler (D.B. Woodside) descubre que Monk ha sido envenenado con una potente toxina sintética basada en la ricina. Como nadie más ha enfermado, hay que analizar toda la comida y otros consumibles de la casa de Natalie. Shuler afirma que no pueden crear el antídoto sin saber qué forma del veneno se utilizó. Monk morirá en dos o tres días si no recibe tratamiento.
Después de que Natalie admita que se encontró con Kazarinski en un supermercado sin saberlo, horas antes de que Monk fuera envenenado, Stottlemeyer forma un grupo de trabajo no oficial dentro del Departamento de Policía de San Francisco: Disher dirige una mitad para averiguar quién contrató al sicario para matar al Dr. Nash, mientras que Stottlemeyer dirige la otra mitad para encontrar al sicario con el fin de averiguar qué veneno utilizó en Monk. El grupo sigue la pista de Kazarinski hasta una estación de tren, pero éste descubre a un agente de policía encubierto y se da a la fuga. Kazarinski es atropellado por un tren de mercancías y muere.
Monk visita al doctor Neven Bell (Héctor Elizondo) para hablar de todo lo ocurrido en los últimos días, y luego se marcha para arreglar sus asuntos antes de su muerte. Monk vuelve a casa y finalmente decide abrir el regalo de su mujer, una grabación de vídeo realizada por Trudy, que le revela que consiguió ocultarle un secreto, uno terrible de años antes de que se conocieran.
Parte IIEdición
Monk se entera de que Trudy había tenido una aventura con Rickover cuando éste había sido profesor de derecho en Berkeley. Se quedó embarazada y dio a luz a una niña que murió a los pocos minutos. A continuación, revela que diez años después de la aventura, Rickover, en ese momento nominado para el tribunal de apelación, la llamó de improviso para concertar una cita con ella en un aparcamiento, pero que se puso nerviosa debido al tono siniestro de su voz y al hecho de que Stroud, la mujer que había desaparecido en el momento de la llamada, había participado en el parto. Trudy sospechaba que Rickover podía estar silenciando a todos los que sabían del asunto, así que grabó el vídeo por si acaso.
A pesar de los esfuerzos de Natalie por disuadirle, Monk se enfrenta a Rickover durante su audiencia de confirmación para el cargo de juez del tribunal supremo del estado. Cuando no confiesa y empieza a insultar la estabilidad mental de Monk y de Trudy, Monk le ataca y tiene que ser escoltado por los guardias. De vuelta al hospital, Monk recibe la visita de Stottlemeyer y Randy, que le dicen que los registros telefónicos muestran varias llamadas entre él y el Dr. Nash. Monk recuerda entonces la conversación entre Rickover y su mujer sobre su casa, y deduce que una pista crucial está relacionada con ella. En el apartamento de Monk, mientras guarda sus cosas en bolsas de plástico transparentes, Natalie tiene los mismos síntomas que Monk. Ella se da cuenta de que el veneno estaba colocado en las toallitas de Monk; el hospital recibe esta información para fabricar un antídoto. Sin embargo, Monk seda al guardia que lo protege, le roba el arma y se va.
En la casa de Rickover, el grupo ve cómo Monk obliga a Rickover a punta de pistola a cavar en un punto antes de su reloj de sol. Monk afirma que los restos de la partera desaparecida están enterrados allí. Después de desenterrar los restos, Rickover admite que cometió los asesinatos para asegurarse el puesto de juez de apelación. Doce años atrás, Wendy Stroud había encontrado la religión y le dijo a Rickover que tenía la intención de contar a la prensa su aventura con Trudy y su hijo, lo que le obligó a matarla y a enterrarla en su jardín delantero, lo que explica que se negara a mudarse. Rickover también se vio obligado a matar a Trudy, ya que era la única persona que podía relacionar la desaparición de Stroud con él. Doce años más tarde, el Dr. Nash encontró referencias a la niña al digitalizar los registros de pacientes de la clínica de partos, por lo que sospechó lo que le había ocurrido a Stroud. Intentó entonces chantajear a Rickover, lo que provocó que éste contratara a Kazarinski para que lo matara y envenenara a Monk para que no pudiera reconstruir todo. Cuando Monk lucha contra el veneno, Rickover le roba la pistola a Monk y se suicida.
Unos días después, Monk, ya recuperado, se plantea qué va a hacer ahora consigo mismo. Mientras recoge las cosas de Trudy, Monk encuentra un viejo artículo de periódico sobre la desaparición de Stroud, y descubre que la hija de Trudy no murió; Stroud se había llevado a la niña en secreto a petición de Rickover y la había dado en adopción. Stottlemeyer le sigue la pista. Monk conoce a la hija de Trudy, Molly Evans (Alona Tal), que se parece mucho a Trudy y, al igual que su madre, es escritora y trabaja como crítica de cine en un periódico local. La pareja está encantada de conocerse. Mientras tanto, Stottlemeyer se entera de que a Disher le han ofrecido el puesto de jefe de policía de Summit, Nueva Jersey, y que ha estado saliendo con la antigua enfermera y asistente de Monk, Sharona Fleming.
Cuando Molly le pregunta a Monk qué hará ahora que el asesinato de Trudy está resuelto, él responde que quiere retirarse y seguir a Molly a todas partes y documentar su vida. Molly le aconseja que utilice el don que tiene para «ayudar a todas las Trudys del mundo»; Monk está de acuerdo. Mientras Monk se prepara para otro día, con sus acciones, su forma de hablar y su estilo de vestir dando a entender que sus diversas fobias y obsesiones están ahora en gran medida bajo control, informa a Natalie de que irá al cine con Molly antes de que la pareja se encargue de otro caso, aunque Monk vuelve para comprobar que la estufa está apagada. A continuación, un montaje de clips del transcurso de las ocho temporadas de la serie antes de que veamos cómo terminó el grupo: Disher se instala cómodamente en su nuevo trabajo como jefe de policía; Stottlemeyer está ahora felizmente casado con T. K. (Virginia Madsen); y Monk y Natalie llegan a la escena de un crimen para abordar su próximo caso para Stottlemeyer.