Las especies existentes de la familia Cryptobranchidae son los miembros actuales de un linaje que se remonta a millones de años; los primeros registros fósiles de una especie basal se remontan al Jurásico Medio y se encontraron en depósitos volcánicos del norte de China. Estos especímenes son los primeros parientes conocidos de las salamandras modernas y, junto con los otros numerosos grupos basales de salamandras encontrados en el registro fósil asiático, constituyen una base firme de pruebas de que «la diversificación temprana de las salamandras estaba muy avanzada» en Asia durante el Jurásico. La morfología de los Cryptobranchidae ha cambiado muy poco desde la época de estos fósiles, por lo que los investigadores señalan que «las salamandras criptobáricas existentes pueden considerarse fósiles vivientes cuyas estructuras han permanecido poco modificadas durante más de 160 millones de años».
Dado que el registro fósil de los Cryptobranchidae muestra un origen asiático para la familia, el modo en que estas salamandras llegaron al este de Estados Unidos ha sido un punto de interés científico. La investigación ha indicado una dispersión a través de un puente terrestre, con olas de radiación adaptativa que parecen haber barrido las Américas de norte a sur.
En 1726, el médico suizo Johann Jakob Scheuchzer describió un fósil como Homo diluvii testis (latín: evidencia de un humano diluviano), creyendo que eran los restos de un ser humano que se ahogó en el diluvio bíblico. El Museo Teylers de Haarlem (Países Bajos) compró el fósil en 1802, donde aún se expone. En 1812, el fósil fue examinado por Georges Cuvier, quien reconoció que no era humano. Tras ser identificado como salamandra, Holl lo rebautizó como Salamandra scheuchzeri en 1831. El género Andrias fue acuñado seis años después por Tschudi. Con ello, tanto el género, Andrias (que significa «imagen del hombre»), como el nombre específico, scheuchzeri, acabaron honrando a Scheuchzer y sus creencias. No se puede distinguir mutuamente de la actual A. davidianus, por lo que esta última, descrita sólo en 1871, se considera a veces un sinónimo de la primera.