La novela está ambientada en los primeros años del siglo XIX. Silas Marner, un tejedor, es miembro de una pequeña congregación calvinista en Lantern Yard, una calle marginal del norte de Inglaterra. Se le acusa falsamente de haber robado los fondos de la congregación mientras velaba por el diácono, muy enfermo. Dos pruebas implican a Silas: una navaja y el descubrimiento en su propia casa de la bolsa que contenía el dinero. Existe la fuerte sugerencia de que el mejor amigo de Silas, William Dane, le ha inculpado, ya que Silas había prestado su navaja a William poco antes de que se cometiera el crimen. Se echan suertes con la creencia -compartida por Silas- de que Dios dirigirá el proceso y establecerá la verdad, pero indican que Silas es culpable. La mujer con la que Silas iba a casarse rompe su compromiso y se casa con William en su lugar. Con su vida destrozada, su confianza en Dios perdida y su corazón roto, Silas abandona Lantern Yard y la ciudad para dirigirse a una zona rural donde es desconocido.
Marner viaja al sur, a las Midlands, y se instala cerca del pueblo rural de Raveloe, en Warwickshire, donde vive aislado y solo, eligiendo tener un mínimo contacto con los residentes más allá de su trabajo como tejedor de lino. Se dedica de lleno a su oficio y llega a adorar las monedas de oro que gana y atesora con sus tejidos.
Una noche de niebla, las dos bolsas de oro son robadas por Dunstan («Dunsey») Cass, un disoluto hijo menor de Squire Cass, el principal terrateniente del pueblo. Al descubrir el robo, Silas se hunde en una profunda depresión a pesar de los intentos de los aldeanos por ayudarle. Dunsey desaparece inmediatamente, pero la comunidad no le da importancia a esta desaparición ya que se ha esfumado varias veces antes.
Godfrey Cass, el hermano mayor de Dunsey, también alberga un pasado secreto. Está casado con Molly Farren, una mujer de clase trabajadora adicta al opio que vive en otra ciudad, pero está distanciado de ella. Este secreto impide a Godfrey casarse con Nancy Lammeter, una joven de clase media. En una noche de invierno, Molly intenta llegar a la fiesta de Nochevieja de Squire Cass con su hija de dos años para anunciar que es la esposa de Godfrey. En el camino, se desploma en la nieve y pierde el conocimiento. La niña se aleja y entra en la casa de Silas. Silas sigue las huellas de la niña en la nieve y descubre a la mujer muerta. Cuando acude a la fiesta en busca de ayuda, Godfrey se dirige al lugar del accidente, pero resuelve no decirle a nadie que Molly era su esposa. La muerte de Molly, convenientemente para Godfrey y Nancy, pone fin al matrimonio.
Silas se queda con la niña y la llama Eppie, en honor a su madre y hermana fallecidas, ambas llamadas Hephzibah. Eppie cambia la vida de Silas por completo. Silas ha sido despojado de su oro material, pero cree que se lo devuelven simbólicamente en forma de la niña de cabellos dorados. Godfrey Cass es ahora libre para casarse con Nancy, pero sigue ocultándole el hecho de su anterior matrimonio -y del niño-. Sin embargo, ayuda a Marner a cuidar de Eppie con ocasionales regalos económicos. Dolly Winthrop, una amable vecina de Marner, le proporciona más ayuda práctica y apoyo en la crianza de la niña. La ayuda y los consejos de Dolly ayudan a Marner no sólo a criar a Eppie, sino también a integrarla en la sociedad del pueblo.
Pasan dieciséis años y Eppie crece hasta convertirse en el orgullo del pueblo. Tiene un fuerte vínculo con Silas, que a través de ella ha encontrado un lugar en la sociedad rural y un propósito en la vida. Mientras tanto, Godfrey y Nancy lloran su propia falta de hijos, tras la muerte de su bebé. Finalmente, el esqueleto de Dunstan Cass -que aún guarda el oro de Silas- es encontrado en el fondo de la cantera cercana a la casa de Silas, y el dinero es debidamente devuelto a Silas. Conmocionado por esta revelación, y al darse cuenta de su propia conciencia, Godfrey confiesa a Nancy que Molly fue su primera esposa y que Eppie es su hija. Le ofrecen criarla como hija de un caballero, pero esto significaría que Eppie tendría que renunciar a vivir con Silas. Eppie se niega educada pero firmemente, diciendo: «No puedo pensar en la felicidad sin él»
Silas vuelve a visitar Lantern Yard, pero su antiguo barrio ha sido «barrido» en los años transcurridos y sustituido por una gran fábrica. Nadie parece saber qué pasó con los habitantes de Lantern Yard. Sin embargo, Silas se resigna al hecho de que nunca lo sabrá y ahora lleva una existencia feliz entre su familia y amigos hechos a sí mismos. Al final, Eppie se casa con un chico del pueblo con el que ha crecido, Aaron, el hijo de Dolly, y se mudan a la casa de Silas, que ha sido mejorada por cortesía de Godfrey. Las acciones de Silas a lo largo de los años en el cuidado de Eppie aparentemente han proporcionado alegría a todos, y la familia extendida celebra su felicidad.