Los sistemas de agua lénticos consisten en cuerpos de agua quietos, como lagos, estanques y mares. Durante los períodos de sequía, estos sistemas suelen durar más que sus homólogos más pequeños y los organismos pueden seguir viviendo a pesar de la reducción de los suministros. Estas masas, a menudo profundas y con múltiples zonas, experimentan muchas cosas que los sistemas de aguas lóticas no experimentan. Los sistemas acuáticos lénticos están formados por múltiples zonas, litoral, limnética, vertical y béntica.
El epilimnion, o agua superficial, es la zona en la que se puede encontrar más vida. Esta zona tiene un alto contenido de oxígeno durante los veranos, las aguas más cálidas que reciben la mayor cantidad de luz solar mantendrán la mayor cantidad de oxígeno, permitiendo así que la mayor cantidad de vida florezca aquí.
El metalimnion, o masa de agua media, es donde la temperatura del agua comienza a disminuir, la vida no es tan abundante como en las aguas superficiales, pero todavía hay muchos organismos que se pueden encontrar aquí. A menudo es aquí donde comienza la termoclina, una termoclina es un punto en el que la temperatura del agua disminuye aproximadamente un grado centígrado por metro.
El hipolimnio es la zona más cálida durante el invierno y la más fría durante el verano. Es la parte más baja del cuerpo, donde a veces no llega la luz. En esta zona es donde se encuentra la menor cantidad de vida durante la mayor parte del año.
Los cambios se producen cuando el agua se estratifica en las masas, el agua del fondo de la masa se mezcla con el agua cercana a la superficie. Esto ocurre durante la primavera y el otoño.