Encontrar fuentes: «Sonda de hibridación» – noticias – periódicos – libros – scholar – JSTOR (diciembre de 2009) (Aprende cómo y cuándo eliminar este mensaje de la plantilla)
En biología molecular, una sonda de hibridación es un fragmento de ADN o ARN de longitud variable (normalmente de 100 a 10000 bases) que puede ser marcado radiactivamente o con fluorescencia. A continuación, puede utilizarse en muestras de ADN o ARN para detectar la presencia de sustancias nucleotídicas (la diana de ARN) que son complementarias a la secuencia de la sonda. La sonda se hibrida así con un ácido nucleico monocatenario (ADN o ARN) cuya secuencia de bases permite el emparejamiento de bases sonda-objetivo debido a la complementariedad entre la sonda y el objetivo. La sonda marcada se desnaturaliza primero (por calentamiento o en condiciones alcalinas como la exposición a hidróxido de sodio) en ADN monocatenario (ssDNA) y luego se hibrida con el ssDNA diana (Southern blotting) o el ARN (northern blotting) inmovilizado en una membrana o in situ.Para detectar la hibridación de la sonda con su secuencia diana, la sonda se marca (o «etiqueta») con un marcador molecular de moléculas radiactivas o (más recientemente) fluorescentes; los marcadores más utilizados son el 32P (un isótopo radiactivo del fósforo incorporado al enlace fosfodiéster del ADN de la sonda) o la digoxigenina, que es un marcador no radiactivo basado en anticuerpos. Las secuencias de ADN o los transcritos de ARN que tienen una similitud de secuencia de moderada a alta con la sonda se detectan entonces visualizando la sonda hibridada mediante autorradiografía u otras técnicas de imagen. Normalmente, se toman imágenes de rayos X del filtro o se coloca el filtro bajo la luz UV. La detección de secuencias con una similitud moderada o alta depende de la rigurosidad de las condiciones de hibridación aplicadas: una rigurosidad alta, como una temperatura de hibridación elevada y una sal baja en los tampones de hibridación, sólo permite la hibridación entre secuencias de ácidos nucleicos que son muy similares, mientras que una rigurosidad baja, como una temperatura más baja y una sal alta, permite la hibridación cuando las secuencias son menos similares. Las sondas de hibridación utilizadas en los microarrays de ADN se refieren al ADN unido covalentemente a una superficie inerte, como los portaobjetos de vidrio recubiertos o los chips de genes, a los que se hibrida una diana de ADNc móvil.
Dependiendo del método, la sonda puede sintetizarse utilizando el método de fosforamidita, o puede generarse y marcarse mediante amplificación por PCR o clonación (ambos son métodos más antiguos). Para aumentar la estabilidad in vivo de la sonda no se utiliza ARN. En su lugar, se pueden utilizar análogos del ARN, en particular derivados del morfolino. Las sondas moleculares basadas en el ADN o el ARN se utilizan actualmente de forma rutinaria en el cribado de bibliotecas de genes, en la detección de secuencias de nucleótidos con métodos de blotting y en otras tecnologías de genes, como los microarrays de ácidos nucleicos y de tejidos.