Al llegar a Animal Junction, los hermanos Kratt (Chris y Martin Kratt) se asoman a la ventana y llaman a Zoboomafoo (o «Zoboo» para abreviar, y ocasionalmente «Zob»), mostrado en un segmento de acción real como un lémur real (Jovian) que salta a través de un campo para llegar a ellos. Cuando el lémur llega a Animal Junction, no habla con los hermanos Kratt hasta que le dan un tentempié, generalmente comida apropiada para lémures, como garbanzos, boniato o rodajas de mango. Cuando termina de comer su bocadillo, eructa rápidamente, diciendo: «Disculpe», y luego gira sobre una plataforma giratoria, gritando: «¡Zoboomafoo-oo-oo-oo!», momento en el que se convierte en una marioneta lémur parlante (con la voz de Robertson). A continuación, da paso al segmento principal del episodio describiendo un «¡Mangatsika!» (palabra malgache que significa literalmente «frío», pero que en la serie se utiliza para significar «guay») que vio de camino a Animal Junction. Mientras describe el animal, suena una canción, «¿Quién será?», mientras un dibujo animado muestra las características del «animal misterioso». Al final de la canción, Chris y Martin intentan adivinar el animal que Zoboo ha descrito y el misterio se revela cuando el animal o los animales llegan a Animal Junction.
Cada episodio tiene un tema. Por ejemplo, los animales bebés, los animales que dan miedo o la importancia del juego. La llegada del «animal misterioso», generalmente utilizada como exposición, lleva a Zoboo, Chris y Martin a una conversación sobre el animal. Al menos una vez en cada episodio (dos veces en la mayoría de los episodios), Zoboo dice que algún acontecimiento en Animal Junction le recuerda a una época en Zoboolandia, donde cuenta historias sobre sus mejores amigos en Zoboolandia, como Narchi (una criatura parecida a un oso hormiguero), Gooble (una criatura parecida a un oso que come bayas gooble), Sensit (un lémur que suele jugar), Wiggy Waxwing (una criatura parecida a un pájaro a la que le gusta cantar y comer fideos de raíz), Green Puppy (un cachorro verde como su nombre indica) Slimantha (una criatura parecida a una salamandra), Noggin Drill (una criatura parecida a un topo que utiliza su cuerno en forma de taladro), Snow Lemur (un lémur que vive en una montaña), Baby Zoboomafooasaurus y Mama Zoboomafooasaurus (dinosaurios que aparecen en CGI, sobre los que los animales suelen jugar), Buggly (un bicho sobre el que se monta Zoboo), Fibby (una criatura marina con varias partes, incluyendo un tentáculo y una pata de cangrejo) y Cy (un calamar tuerto que levita, introducido en la segunda temporada). Estos segmentos están animados, utilizando animación de arcilla y cuentan con voces distintas para cada personaje.
Después de la primera historia de Zoboolandia, Zoboo, Chris y Martin reciben una carta de los Ayudantes de los Animales (Jackie en la primera temporada y Amy en la segunda), que muestran a los niños cómo ayudar a los animales. Esto lleva a que Chris y Martin salgan a visitar a las criaturas relacionadas con el tema, comenzando siempre con la canción «Going to the Closet» cantada por Zoboo (y a veces por los personajes de Zoboolandia). Al final de cada episodio, Zoboo y los hermanos se despiden cantando «Animal Friends», una canción que explica por qué los animales son amigos de todos, a pesar de ser especies diferentes. Finalmente, Zoboo se convierte en un lémur normal y regresa a su hogar en Madagascar. Chris y Martin también salen de Animal Junction para demostrar mejor el tema del día, viajando a una región, a menudo en la India o en África, para visitar a las criaturas de allí.
Antes de los créditos de cada episodio, los chicos muestran y cuentan a los espectadores varios animales y mascotas que tienen, y se reproduce un descargo de responsabilidad en el que se dice a los espectadores que deben tener cuidado con los animales que conocen. A continuación, Chris y Martin mencionan datos sobre los animales que llevan a Zoboo a hacer una broma. Ejemplo: «Toc toc. ¿Quién está ahí? Pantera. ¿Pantera qué? Pantera sin pantalones, ¡voy a nadar!». El descargo de responsabilidad y el chiste fueron editados para las emisiones que no son de PBS (excluyendo los visionados On Demand y PBS Kids Sprout).