Krupa fece le sue prime registrazioni nel 1927 con una band guidata da Red McKenzie e dal chitarrista Eddie Condon. Insieme ad altre registrazioni di musicisti della scena jazz di Chicago, come Bix Beiderbecke, queste registrazioni sono esempi di jazz in stile Chicago. Le influenze di Krupa durante questo periodo includevano Padre Ildefonse Rapp e Roy Knapp (entrambi suoi insegnanti), e i batteristi Tubby Hall, Zutty Singleton e Baby Dodds. I press rolls (trascinare una bacchetta sulla testa del rullante mentre si tiene il ritmo con l’altra bacchetta) erano una tecnica abbastanza comune nelle prime fasi del suo sviluppo. Ci furono molti altri batteristi (Ray Bauduc, Chick Webb, George Wettling, Dave Tough) che influenzarono il suo approccio alla batteria e altri strumentisti e compositori come Frederick Delius che influenzarono il suo approccio alla musica.
Krupa apparve in sei registrazioni della band Thelma Terry nel 1928. Nel dicembre 1934, si unì alla band di Benny Goodman, dove il suo lavoro alla batteria lo rese una celebrità nazionale. I suoi interludi di tom-tom nella hit “Sing, Sing, Sing” furono i primi assoli di batteria estesi ad essere registrati commercialmente. Ma il conflitto con Goodman lo spinse a lasciare il gruppo e a formare la propria orchestra poco dopo il concerto alla Carnegie Hall nel gennaio 1938. Apparve nel film Ball of Fire del 1941 in cui lui e la sua band eseguirono una versione estesa della hit “Drum Boogie” (composta da Krupa e Roy Eldridge), cantata da Martha Tilton e doppiata da Barbara Stanwyck.
Nel 1943, Krupa fu arrestato con un’accusa di droga inventata. Il risultato fu una breve condanna al carcere e una cattiva pubblicità. Gene sciolse l’orchestra e tornò nella band di Goodman per qualche mese. Quando Goodman lo volle per un tour sulla costa ovest, Gene (comprensibilmente) scelse di non farlo. Poi si unì alla band di Tommy Dorsey per alcuni mesi e poi mise insieme la sua prossima orchestra.
Quando gli anni 40 finirono, Count Basie chiuse la sua band e Woody Herman ridusse la sua band ad un ottetto. Nel 1951, Krupa ridusse la dimensione della sua band a dieci elementi per un breve periodo e dal 1952 in poi guidò dei trii, poi dei quartetti, spesso con Charlie Ventura e poi Eddie Shu al sax tenore, clarinetto e armonica. Appare regolarmente nei concerti di Jazz at the Philharmonic. Negli anni ’50, Krupa tornò a Hollywood per apparire nei film The Glenn Miller Story e The Benny Goodman Story. Nel 1959, uscì il film biografico The Gene Krupa Story; Sal Mineo ritrasse Krupa, e il film includeva camei di Anita O’Day e Red Nichols. Durante gli anni 1950 e 1960, Krupa suonò spesso al Metropole vicino a Times Square a Manhattan. Continuò ad esibirsi in famosi club negli anni ’60, tra cui lo Showboat Lounge a nord-ovest di Washington, D.C. Con il coetaneo Cozy Cole, Gene iniziò una scuola di musica nel 1954 che portò avanti negli anni ’60. Tra gli studenti della scuola c’erano Peter Criss dei KISS e Jerry Nolan dei New York Dolls. Doug Clifford dei Creedence Clearwater Revival citò Krupa come fonte di ispirazione. Questo includeva diversi concerti di reunion dell’originale Benny Goodman Quartette. Il 17 aprile 1973, il Gene Krupa Quartet, composto da Eddie Shu (tenore e clarinetto), John Bunch (piano), Nabil Totah (basso) e Krupa (batteria), registrò una performance live alla New School con la composizione di Louis Prima “Sing, Sing, Sing”.
Le sue composizioni che ha scritto o co-scritto includono “Some Like It Hot” nel 1939, “Drum Boogie”, “Boogie Blues”, la sua sigla “Apurksody”, “Ball of Fire”, “Disc Jockey Jump” con Gerry Mulligan, “Wire Brush Stomp”, “Hippdeebip”, “Krupa’s Wail”, “Swing is Hee”, “Quit and Roll ‘Em” con Sam Donahue, e “How ‘Bout This Mess”.
Battaglie di batteria Krupa-Rich
Norman Granz assunse Krupa e il batterista Buddy Rich per i suoi concerti Jazz at the Philharmonic. I due batteristi si esibirono alla Carnegie Hall nel settembre 1952 e fu pubblicato dalla Verve come The Drum Battle. I due batteristi si affrontarono in una serie di trasmissioni televisive e in altre sedi e spesso suonarono duetti simili con il batterista Cozy Cole. Krupa e Rich registrarono insieme due album in studio: Krupa and Rich (Verve, 1955) e Burnin’ Beat (Verve, 1962).