Youssef è nato in Egitto, dove è diventato cristiano, e ha vissuto in Libano e in Australia prima di trasferirsi negli Stati Uniti. In Australia, Youssef ha studiato al Moore Theological College di Sydney, è stato ordinato ministro e ha incontrato sua moglie, Elizabeth.
Gli Youssef sono immigrati negli Stati Uniti nel 1977 e nel 1984 Youssef è diventato cittadino americano. Ha conseguito altre lauree al Fuller Theological Seminary in California e alla Emory University in Georgia.
Youssef ha lavorato per quasi 10 anni con l’Haggai Institute, viaggiando in tutto il mondo e insegnando corsi di evangelismo e di leadership ecclesiastica ai leader delle chiese. Ha fondato la Chiesa degli Apostoli nel 1987. È autore di più di 35 libri, tra cui I barbari sono qui, I tempi finali e il segreto del Mahdi, e Gesù, la Jihad e la pace.
Youssef ha fondato Leading The Way nel 1988, un ministero ad Atlanta, Georgia, con l’obiettivo di raggiungere i musulmani in Medio Oriente. È anche il pastore fondatore della Chiesa degli Apostoli di Atlanta.
Youssef e sua moglie vivono ad Atlanta e hanno quattro figli adulti e otto nipoti.