Natural Bridges State Beach ospita un boschetto di eucalipti che ha fornito l’habitat alle farfalle monarca. Fino a 150.000 farfalle migrano fino a 2.000 miglia (3.200 km) verso il parco per sfuggire al freddo dell’inverno negli Stati Uniti nord-occidentali e in Canada. La città di Santa Cruz organizza un festival annuale per segnare il ritorno delle farfalle. Le monarca si stabiliscono in boschetti lungo le coste della California e della Baja California. A Natural Bridges State Beach trovano riparo dal vento e fonti di acqua e cibo. Le farfalle si raggruppano sugli alberi, “intrecciando le loro gambe tra i rami per assomigliare ad un ciuffo di foglie”. Le farfalle si proteggono a vicenda dai venti freddi invernali e dalle piogge raggruppandosi insieme. A partire dalla fine degli anni ’90, la popolazione di farfalle del parco ha cominciato a diminuire. I biologi attribuiscono il declino alla mancanza di habitat causata dalla caduta di pini ed eucalipti. Il declino a Natural Bridges State Beach ha significato un aumento del numero di farfalle nella vicina Lighthouse Field State Beach.
I 65 acri (26 ha) del parco hanno una varietà di habitat. Paludi d’acqua salata e d’acqua dolce si trovano su Moore Creek. La macchia costiera circonda i margini e le aree interne non sviluppate del parco. Dune di sabbia e uno stagno d’acqua dolce si trovano anche al parco.
Le piscine di marea sulla spiaggia forniscono uno sguardo all’habitat della vita marina per i visitatori del parco. Le maree in ritirata rivelano popolazioni di ricci, stelle di mare, granchi eremiti e kelp. I mammiferi marini, come balene, foche e lontre marine possono essere visti dalla spiaggia. In combinazione con la foce estuarina di Moore Creek, la spiaggia statale fornisce l’habitat per una varietà di specie di uccelli, come uccelli costieri, gabbiani e garzette. Pellicani marroni e cormorani possono spesso essere trovati sul ponte naturale rimanente.
Natural Bridges State Marine Reserve è un’area marina protetta al largo della Natural Bridges State Beach. Come un parco sottomarino, quest’area marina protetta aiuta a conservare la fauna marina e gli ecosistemi marini.