Embryonale ontwikkeling en geslachtsbepaling
Vivipariteit, of het baren van levende jongen, komt bij sommige hagedissoorten voor. Bij de skinken is dit het geval bij ongeveer een derde van de soorten, waarvan vele in tropische klimaten leven. In de meeste andere families die levendbarende vertegenwoordigers hebben, zijn de soorten die vaak aan koude omstandigheden worden blootgesteld – hetzij op grote hoogte, hetzij op extreme breedtegraden – meestal levendbarend. Bijvoorbeeld, alle Nieuw-Zeelandse gekko’s baren levende jongen, terwijl alle andere gekko’s eieren leggen. Er bestaat een grote verscheidenheid van mechanismen die resulteren in de productie van levende jongen. Bij sommige hagedissen is het enige verschil tussen het leggen van eieren (ovipariteit) en het levend ter wereld brengen (vivipariteit) dat er zich nooit een schaal rond de “eieren” vormt. Het vrouwtje houdt ze in de eileider totdat de ontwikkeling voltooid is, en elk ei bevat in zijn grote dooier al de nodige energie voor de ontwikkeling. In deze gevallen gaan er geen extra voedingsstoffen van de moeder naar de nakomelingen.
Bij andere hagedissen bevatten de eitjes die uit de eierstok vrijkomen de meeste, maar niet alle, voor de ontwikkeling benodigde energie in de dooier. Er kunnen zich verschillende soorten placenta’s ontwikkelen, afhankelijk van de soort hagedis. Het resultaat is dat sommige voedingsstoffen tijdens de ontwikkeling van de moeder op de nakomeling overgaan. Bij slechts enkele soorten, zoals de Mabuya heathi, worden kleine eitjes met bijna geen dooier uit de eierstok losgelaten en in de eileider afgezet. Er ontwikkelt zich een geavanceerde en complexe placenta, en meer dan 99% van de voedingsstoffen die nodig zijn voor de embryonale ontwikkeling gaan van de moeder naar de nakomeling. Bij deze soorten is de draagtijd gewoonlijk zeer lang (8-12 maanden).
Sekse is bij de meeste hagedissen genetisch en rigide bepaald; een uitgekomen jong heeft normaliter mannelijke of vrouwelijke voortplantingsstructuren. Bij vertegenwoordigers van de meeste families van leguanenhagedissen (Iguania) en bij sommige soorten zweepstaarten, tegu’s, gekko’s en skinken hebben de mannetjes ongelijke geslachtschromosomen, vergelijkbaar met het geslachtschromosoom-systeem van de meeste zoogdieren. Sommige vrouwelijke gekko’s en muurhagedissen en alle varanen hebben geslachtschromosoomverschillen die vergelijkbaar zijn met die bij slangen. Bij enkele hagedissoorten (sommige leguanen, gekko’s en muurhagedissen) bestaan geen geslachtschromosomen. Zij vertrouwen op temperatuurafhankelijke geslachtsbepaling (TSD) – d.w.z. dat de temperaturen in het nest tijdens de ontwikkeling van de eieren het geslacht van de uitgekomen jongen bepalen.