Anatomia porównawcza, badanie porównawcze struktur ciała różnych gatunków zwierząt w celu zrozumienia zmian adaptacyjnych, jakim uległy one w toku ewolucji od wspólnych przodków.
Nowoczesna anatomia porównawcza wywodzi się z prac francuskiego przyrodnika Pierre’a Belona, który w 1555 roku wykazał, że szkielety ludzi i ptaków zbudowane są z podobnych elementów ułożonych w ten sam sposób. Od tego skromnego początku, wiedza o anatomii porównawczej rozwinęła się szybko w XVIII wieku dzięki pracy dwóch francuskich przyrodników – Georgesa-Louisa Leclerca, comte de Buffon, i Louisa-Jeana-Marie Daubentona – którzy porównali anatomie szerokiej gamy zwierząt. Na początku XIX wieku francuski zoolog Georges Cuvier nadał tej dziedzinie bardziej naukowy charakter, twierdząc, że cechy strukturalne i funkcjonalne zwierząt wynikają z ich interakcji ze środowiskiem, w którym żyją. Cuvier odrzucił również XVIII-wieczne przekonanie, że przedstawiciele królestwa zwierząt są ułożeni w pojedynczy szereg liniowy, od najprostszych do człowieka. Zamiast tego Cuvier podzielił wszystkie zwierzęta na cztery duże grupy (kręgowce, mięczaki, stawonogi i promieniowce) według planu ciała. Inną wielką postacią w tej dziedzinie był brytyjski anatom Sir Richard Owen, którego rozległa wiedza o budowie kręgowców nie przeszkodziła mu w sprzeciwie wobec teorii ewolucji przez dobór naturalny, rozwiniętej i rozsławionej przez brytyjskiego przyrodnika Karola Darwina. Darwin szeroko wykorzystał anatomię porównawczą w swojej teorii, a ona z kolei zrewolucjonizowała tę dziedzinę, wyjaśniając różnice strukturalne między gatunkami jako wynikające z ich ewolucyjnego pochodzenia drogą doboru naturalnego od wspólnego przodka.
Od czasów Darwina badania anatomii porównawczej koncentrowały się w dużej mierze na strukturach ciała, które są homologiczne – tzn, takie, które u różnych gatunków mają to samo ewolucyjne pochodzenie, niezależnie od ich dzisiejszej funkcji. Struktury takie mogą wyglądać zupełnie inaczej i wykonywać inne zadania, ale nadal można je prześledzić na podstawie wspólnej struktury u zwierzęcia, które było przodkiem obu gatunków. Na przykład kończyny przednie ludzi, ptaków, krokodyli, nietoperzy, delfinów i gryzoni zostały zmodyfikowane przez ewolucję, by pełnić różne funkcje, ale wszystkie one są ewolucyjnie identyfikowalne z płetwami ryb z rzędu crossopterygii, u których ten podstawowy układ kości powstał po raz pierwszy. Analogiczne struktury, dla kontrastu, mogą być podobne do siebie, ponieważ pełnią tę samą funkcję, ale mają inne pochodzenie ewolucyjne i często inną strukturę, skrzydła owadów i ptaków są tego najlepszym przykładem.