Alfred Molina urodził się w 1953 roku w Londynie, w Anglii. Jego matka, Giovanna (Bonelli), była urodzoną we Włoszech kucharką i sprzątaczką, a jego ojciec, Esteban Molina, był urodzonym w Hiszpanii kelnerem i szoferem. Studiował w Guildhall School of Music and Drama w Londynie. Jego dorobek sceniczny obejmuje dwie duże produkcje Royal National Theatre, „Noc iguany” Tennessee Williamsa (jako Shannon) i „Speed the Plow” Davida Mameta (jako Fox), a także znakomitą kreację w „Art” Yasminy Rezy (jego debiut na Broadwayu), za którą otrzymał nominację do Tony Award w 1998 roku. Zadebiutował w filmie „Indiana Jones i Poszukiwacze Zaginionej Arki” (1981) i dostał dobrą rolę w „Liście do Breżniewa” (1985) (jako radziecki marynarz, który spędza noc w Liverpoolu), ale jego filmowy przełom nastąpił dwa lata później, kiedy zagrał – rewelacyjnie – Kennetha Halliwella, tragicznego kochanka dramaturga Joe Ortona, w „Nadstaw uszu” (1987) Stephena Frearsa. Był również wybitny w Zaczarowanym kwietniu (1991), Rodzinie Perezów (1995) (jako kubański imigrant), Annie Kareninie (1997) (jako Levin) i Chocolat (2000) (jako ciasno myślący burmistrz małego francuskiego miasteczka około 1950, który próbuje zamknąć sklep z czekoladą).