Według legendy, w 1139 roku hrabia Afonso Henriques odniósł decydujące zwycięstwo nad siłami Maurów pod Ourique. Pięć tarcz, które rzekomo wybił z rąk pięciu mauretańskich królów, zostało później odzwierciedlonych w pięciu niebieskich tarczach na jego białym sztandarze. Na każdej tarczy widniało pięć białych krążków odpowiadających pięciu ranom Chrystusa, który według tradycji pojawił się przed bitwą i zagwarantował hrabiemu sukces. W XIII wieku król Afonso III dodał do tarczy czerwoną obwódkę ze złotymi zamkami jako symbol sąsiedniego królestwa Kastylii; mogło to nastąpić w 1254 roku, kiedy poślubił Beatriz z Kastylii (nieślubną córkę Alfonsa X) i zaaranżował przekazanie Portugalii terytorium znanego jako Algarve.
Przedstawione w koronie, ramiona te pojawiły się na wielu portugalskich flagach na przestrzeni wieków – na przykład po 1640 roku, kiedy Portugalia odzyskała niepodległość od Hiszpanii, jej flagi były białe z królewskimi ramionami. W 1816 roku za tarczą dodano symbol Brazylii, kulę armilarną. Sfera armilarna była używana jako instrument nawigacyjny przez poprzednich królów portugalskich, którzy w XV i XVI wieku sponsorowali światowe wyprawy odkrywcze i osadnicze. Chociaż symbol ten został porzucony w latach dwudziestych XIX wieku, kiedy Brazylia uzyskała niepodległość, powrócono do niego 30 czerwca 1911 roku, po rewolucji październikowej, która obaliła monarchię i uczyniła z Portugalii republikę. W tym samym czasie zieleń i czerwień zastąpiły niebieskie i białe pasy flagi, używane od 1830 roku. Czerwony był kolorem flagi rewolucyjnej, a zielony został dodany, aby nowa flaga narodowa nie była mylona ze starym sztandarem królewskim, który miał zwykłe czerwone tło. Zieleń i czerwień występowały również w wielu wczesnych flagach portugalskich, takich jak flagi Zakonu Chrystusowego i te przedstawiające krzyże Avis.