Jan Żabiński urodził się w Warszawie, syn Józefa Żabińskiego i jego żony Heleny ze Strzeszewskich, która wpoiła mu miłość do zwierząt. Jan wstąpił do rodzącego się Wojska Polskiego w 1919 r. i brał udział w wojnie polsko-bolszewickiej 1920 r., za co został odznaczony pierwszym Krzyżem Walecznych.
W odbudowanej suwerennej Polsce okresu międzywojennego Żabiński został inżynierem rolnictwa z tytułem doktora zoologii. Pracował w Instytucie Zoologii i Fizjologii Zwierząt SGGW, tam poznał Antoninę Erdman, swoją przyszłą żonę. Był współzałożycielem warszawskiego ogrodu zoologicznego, którego dyrektorem był przez dziesięć lat, od 1929 roku aż do napaści Niemiec na Polskę w 1939 roku. Uczył też geografii w prywatnym Gimnazjum im. Kreczmara. W 1937 r. Żabiński nadzorował narodziny „Tuzinki”, dwunastego słonia, który kiedykolwiek urodził się w niewoli. Po wyzwoleniu Polski w 1945 r. wkrótce powrócił na stanowisko dyrektora warszawskiego ZOO, które piastował do marca 1951 r. Za ratowanie życia w czasie Holokaustu został uhonorowany nagrodą w wysokości 20 tys. zł. Za ratowanie życia w Holokauście został pośmiertnie odznaczony przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego w 2008 roku Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski z Gwiazdą. Jego żona Antonina również została odznaczona Krzyżem Komandorskim.
Polska działalność konspiracyjna
Po przejęciu Warszawy przez Niemców we wrześniu 1939 r., Żabiński, dyrektor ZOO, został mianowany przez nową nazistowską administrację także kuratorem parków publicznych. Jako pracownik gminy warszawskiej, po utworzeniu getta w 1940 r., został oficjalnie wpuszczony na teren getta warszawskiego. Jan i jego żona Antonina od razu zaczęli pomagać swoim licznym żydowskim przyjaciołom. Korzystając z możliwości odwiedzania warszawskiego getta rzekomo w celu zbadania stanu roślinności w obrębie murów getta, Żabiński utrzymywał kontakt z żydowskimi kolegami i przyjaciółmi sprzed inwazji, pomagał im w ucieczce i znalezieniu schronienia po „aryjskiej” stronie miasta. Wśród wielu uratowanych przez niego Żydów byli rzeźbiarka Magdalena Gross z mężem Maurycym Pawłem Fraenklem, pisarka Rachela Auerbach, Regina i Samuel Kenigsweinowie z dziećmi, Eugenia Sylkes, Marceli Lewi-Łebkowski z rodziną, Marysia Aszerówna, rodzina Kellerów, profesor Ludwik Hirszfeld oraz Leonia i Irena Tenenbaum, żona i córka entomologa Szymona Tenenbauma (zamordowanego w getcie), a także wielu innych; z których większość przeżyła Holocaust i po latach nominowała go do nagrody Sprawiedliwego.
Podczas niemieckiego ataku lotniczego na Warszawę we wrześniu 1939 roku wiele wybiegów dla zwierząt zostało opróżnionych, a okazy z zoo wywiezione w inne miejsce. Żabińscy postanowili wykorzystać czyste zagrody, klatki i boksy jako kryjówki dla uciekających Żydów. W ciągu trzech lat setki Żydów znalazło tymczasowe schronienie w opuszczonych klatkach na wschodnim brzegu Wisły, dopóki nie znaleźli schronienia gdzie indziej. Ponadto kilkunastu Żydów znalazło schronienie w dwupiętrowym prywatnym domu Żabińskiego na terenie zoo. W tym niebezpiecznym przedsięwzięciu pomagała mu żona Antonina, uznana pisarka, oraz ich mały syn Ryszard, którzy żywili i dbali o potrzeby zrozpaczonych Żydów, będących pod ich opieką. Początkowo Żabiński płacił z własnych funduszy na pokrycie kosztów utrzymania, później pieniądze otrzymywał za pośrednictwem Żegoty: Rady Pomocy Żydom.
Działacz polskiego podziemnego ruchu oporu Armia Krajowa w stopniu porucznika, Żabiński uczestniczył w polskim Powstaniu Warszawskim w sierpniu i wrześniu 1944 roku. Po jego stłumieniu został wywieziony jako więzień do obozów na terenie Niemiec. Jego żona kontynuowała ich pracę, dbając o potrzeby części Żydów pozostawionych w ruinach miasta.