Inne projekty i twórczość
Po powrocie Medyceuszy w 1530 roku Michał Anioł powrócił do pracy nad ich rodzinnymi grobowcami. Jego zaangażowanie polityczne było prawdopodobnie bardziej związane z miastem jako takim, niż z jakąkolwiek konkretną formą rządową. Dwa odrębne projekty posągów z tej daty to Apollo lub Dawid (jego tożsamość jest problematyczna), wykorzystany jako prezent dla nowo potężnej postaci politycznej, oraz Zwycięstwo, postać depcząca pokonanego wroga, starca. Prawdopodobnie był on przeznaczony do nigdy nie zapomnianego grobowca papieża Juliusza, ponieważ motyw ten był obecny w planach tego grobowca. Zarówno zwycięzca, jak i przegrany mają intensywnie skomplikowane pozy; przegrany wydaje się upakowany w bryłę, a zwycięzca – jak Apollo – tworzy smukłą spiralę. Grupa Zwycięzcy stała się ulubionym modelem dla młodszych rzeźbiarzy z grupy manierystycznej, którzy zastosowali tę formułę do wielu alegorycznych tematów.
W 1534 roku Michał Anioł po raz ostatni opuścił Florencję, choć zawsze miał nadzieję na powrót, by dokończyć projekty, które pozostawił niedokończone. Resztę życia spędził w Rzymie, pracując nad projektami, w niektórych przypadkach równie wielkimi, ale w większości całkiem nowymi. Od tego czasu zachowało się wiele jego listów do rodziny we Florencji, w których wiele z nich dotyczyło planów małżeństwa siostrzeńca, niezbędnego dla zachowania nazwiska. Ojciec Michała Anioła zmarł w 1531 roku, a jego ulubiony brat mniej więcej w tym samym czasie; on sam okazywał coraz większy niepokój z powodu swojego wieku i śmierci. Właśnie w tym czasie prawie 60-letni artysta pisał listy, w których wyrażał silne uczucia przywiązania do młodych mężczyzn, przede wszystkim do utalentowanego arystokraty Tommaso Cavalieriego, późniejszego działacza rzymskiego. Listy te zostały naturalnie zinterpretowane jako wskazówki, że Michał Anioł był gejem, ale jego orientacja seksualna nie może być potwierdzona, ponieważ żadne podobne wskazówki nie pojawiły się, gdy artysta był młodszy. Korelacja tych listów z innymi wydarzeniami może sugerować, że Michał Anioł szukał zastępczego syna, wybierając do tego celu młodszego mężczyznę, który był pod każdym względem godny podziwu i chętnie przyjąłby tę rolę.
Poezja Michała Anioła również zachowała się w dużej ilości z tego okresu. Najwyraźniej zaczął pisać krótkie wiersze w sposób powszechny wśród nieprofesjonalistów w tym okresie, jako elegancki rodzaj listu, ale rozwinął się w bardziej oryginalny i ekspresyjny sposób. Wśród około 300 zachowanych wierszy, nie licząc fragmentów wiersza lub dwóch, znajduje się około 75 ukończonych sonetów i około 95 ukończonych madrygałów, wierszy mniej więcej tej samej długości co sonety, ale o luźniejszej strukturze formalnej. W krajach anglojęzycznych zwykło się mówić o „sonetach Michała Anioła”, jak gdyby wszystkie jego wiersze były pisane w tej formie, częściowo dlatego, że sonety były szeroko rozpowszechnione w angielskich przekładach z okresu wiktoriańskiego, a częściowo dlatego, że madrygał jest nieznany w poezji angielskiej. (Nie jest to typ pieśni dobrze znany w muzyce elżbietańskiej, lecz wiersz o nieregularnym schemacie rymów, długości i liczbie wersów). Jednak fakt, że Michał Anioł pozostawił dużą liczbę sonetów, ale tylko kilka madrygałów niedokończonych, sugeruje, że preferował tę drugą formę. Te, które powstały do około 1545 roku, mają tematykę opartą na tradycji poematów miłosnych Petrarki i filozofię opartą na neoplatonizmie, którą Michał Anioł przyswoił sobie jako chłopiec na dworze Wawrzyńca Wspaniałego. Dają one wyraz motywowi, że miłość pomaga człowiekowi w jego trudnym wysiłku wzniesienia się ku boskości.
W 1534 roku Michał Anioł powrócił po ćwierćwieczu do malarstwa freskowego, wykonując dla nowego papieża, Pawła III, ogromny Sąd Ostateczny na końcową ścianę Kaplicy Sykstyńskiej. Temat ten był ulubionym motywem dla dużych ścian końcowych kościołów we Włoszech w średniowieczu i do około 1500 roku, ale potem wyszedł z mody. Często sugeruje się, że to odnowienie pobożnej tradycji wynikało z tych samych impulsów, które doprowadziły do kontrreformacji pod egidą Pawła III. Dzieło utrzymane jest w stylistyce malarskiej wyraźnie odmiennej od tej sprzed 25 lat. Kolorystyka jest prostsza niż w przypadku sufitu: odcienie cieli na tle surowego, błękitnego nieba. Postacie mają mniej energii, a ich kształty są mniej plastyczne. Torsy są raczej pojedynczymi mięsistymi masami bez linii talii. W górnym centrum Chrystus jako sędzia – otoczony tłumem apostołów, świętych, patriarchów i męczenników – podnosi rękę, by zbawić tych po swojej prawej stronie, a drugą opuszcza, by potępić tych po lewej, co w idiomie epoki sugeruje wagę do ważenia ludzi. Ocalone dusze unoszą się powoli w ciężkim powietrzu, podczas gdy potępione toną. U dołu ściany z grobowców wynurzają się szkielety, motyw zaczerpnięty wprost ze średniowiecznych precedensów. Po prawej stronie Charon przenosi dusze przez rzekę Styks, pogański motyw, który Dante w swojej Boskiej Komedii uczynił możliwym do zaakceptowania przez chrześcijan, a który został wprowadzony do malarstwa około 1500 roku przez umbryjskiego artystę Lucę Signorellego. Michał Anioł podziwiał tego artystę za jego umiejętność wyrażania dramatycznych uczuć poprzez anatomiczną dokładność. Sąd Ostateczny, pomyślany jako pojedyncza, zunifikowana, wielka scena bez elementów architektonicznych dzielących i określających jej przestrzeń, jest przesiąknięty poczuciem dynamicznej intensywności, wynikającej z emocjonalnych gestów i ekspresji sądzonych.