Konfederacja Niezależnych Systemów została po raz pierwszy pokazana w Ataku Klonów. Ruch ten, kierowany przez kanclerza Palpatine’a, zyskał poparcie i wkrótce miał poparcie tysięcy systemów słonecznych. Republika Galaktyczna obawiała się, że wybuchnie wojna. Hrabia Dooku i przywódcy Separatystów szykowali się do wojny. Nute Gunray, przywódca Federacji Handlowej, przekazał armii Separatystów tysiące droidów bojowych. Inni przywódcy, tacy jak Poggle Mniejszy i San Hill, przekazali pieniądze i droidy dla sprawy Separatystów. Na planecie Geonosis, hrabia Dooku spotkał się z przywódcami potężnych firm. Hrabia Dooku przedstawił swoją ofertę i powstała Konfederacja Niezależnych Systemów. Jedi Obi-Wan Kenobi podsłuchał spotkanie i wysłał ostrzeżenie do Republiki. Republika wysłała nowo utworzoną armię klonów do walki z droidami bojowymi. Ta bitwa na Geonosis rozpoczęła Wojny Klonów. Geonosjański arcyksiążę Poggle Mniejszy przekazuje plany nowej broni hrabiemu Dooku. Hrabia Dooku opuszcza planetę i udaje się na Coruscant. Przekazuje plany Darthowi Sidiousowi i mówi mu, że wojna się rozpoczęła.