Youssef urodził się w Egipcie, gdzie został chrześcijaninem, a przed przeprowadzką do Stanów Zjednoczonych mieszkał w Libanie i Australii. Podczas pobytu w Australii Youssef studiował w Moore Theological College w Sydney, został wyświęcony na pastora i poznał swoją żonę, Elizabeth.
Youssefowie wyemigrowali do Stanów Zjednoczonych w 1977 roku, a w 1984 roku Youssef został obywatelem USA. Uzyskał dodatkowe stopnie naukowe w Fuller Theological Seminary w Kalifornii i Emory University w Georgii.
Youssef przez prawie 10 lat współpracował z Instytutem Haggai, podróżując po całym świecie i prowadząc kursy ewangelizacji i przywództwa kościelnego dla liderów kościołów. W 1987 roku założył Kościół Apostołów. Jest autorem ponad 35 książek, w tym The Barbarians Are Here, End Times and the Secret of the Mahdi, and Jesus, Jihad and Peace.
Youssef założył Leading The Way w 1988 roku, służbę w Atlancie, Georgia, skupiającą się na docieraniu do muzułmanów na Bliskim Wschodzie. Jest również pastorem-założycielem Kościoła Apostołów w Atlancie.
Youssef i jego żona mieszkają w Atlancie, mają czworo dorosłych dzieci i ośmioro wnucząt.