Natural Bridges State Beach jest domem dla gaju eukaliptusowego, który stanowił siedlisko dla motyli monarchów. Do 150,000 motyli migruje do 2000 mil (3200 km) do parku, aby uciec przed chłodem zimy w północno-zachodnich Stanach Zjednoczonych i Kanadzie. Miasto Santa Cruz organizuje coroczny festiwal, aby uczcić powrót motyli. Monarchy osiedlają się w gajach wzdłuż wybrzeży Kalifornii i Baja California. Na Natural Bridges State Beach znajdują schronienie przed wiatrem, źródła wody i pożywienia. Motyle grupują się na drzewach, „splatając nogi wśród gałęzi, by przypominać kępę liści”. Motyle chronią się wzajemnie przed zimnymi zimowymi wiatrami i deszczami, grupując się razem. Począwszy od późnych lat 90-tych populacja motyli w parku zaczęła się zmniejszać. Biolodzy przypisują ten spadek brakowi siedliska spowodowanemu przez powalone drzewa sosnowe i eukaliptusowe. Spadek na Natural Bridges State Beach oznaczał wzrost liczby motyli na pobliskiej plaży Lighthouse Field State Beach.
Park o powierzchni 26 ha (65 akrów) posiada różnorodne siedliska. Słonowodne i słodkowodne bagna znajdują się nad Moore Creek. Nadbrzeżne zarośla otaczają marginesy i niezabudowane wewnętrzne obszary parku. Wydmy piaszczyste i słodkowodny staw również znajdują się w parku.
Pływowe baseny na plaży zapewniają wgląd w siedliska życia morskiego dla odwiedzających park. Cofające się pływy ujawniają populacje jeżowców, gwiazd morskich, krabów pustelników i kelp. Ssaki morskie, takie jak wieloryby, foki i wydry morskie mogą być widziane z plaży. W połączeniu z ujściem Moore Creek, plaża stanowa stanowi siedlisko dla różnych gatunków ptaków, takich jak ptaki brzegowe, mewy i czaple śnieżne. Pelikany brunatne i kormorany można często spotkać na pozostałym naturalnym moście.
Natural Bridges State Marine Reserve jest morskim obszarem chronionym u wybrzeży Natural Bridges State Beach. Podobnie jak podwodny park, ten morski obszar chroniony pomaga chronić dziką przyrodę oceaniczną i morskie ekosystemy.