Dżihad Sokoto i wojny Jorubów stymulowały handel niewolnikami w czasie, gdy Brytyjczycy aktywnie starali się go powstrzymać. Niewolnicy byli wcześniej wymieniani na europejskie towary, zwłaszcza broń i proch strzelniczy, ale teraz Brytyjczycy zachęcali do handlu olejem palmowym w stanach delty Nigru, rzekomo w celu zastąpienia handlu niewolnikami. Później odkryli, że popyt na olej palmowy w rzeczywistości stymulował wewnętrzny handel niewolnikami, ponieważ to właśnie niewolnicy byli w dużej mierze odpowiedzialni za zbieranie owoców palmowych, produkcję oleju palmowego i transport na wybrzeże, czy to za pomocą kajaków, czy też ludzkich tragarzy. Handel olejem palmowym był także powiązany z dżihadem Sokoto i wojnami Jorubów, ponieważ wielu wojowników dostrzegało znaczenie niewolników nie tylko jako żołnierzy i producentów żywności dla żołnierzy, ale także jako producentów oleju palmowego, który można było wymienić na broń i inne towary.
Wielu niewolników eksportowanych w latach dwudziestych i trzydziestych XIX wieku zostało przechwyconych przez statki Królewskiej Marynarki Wojennej, wyemancypowanych i osadzonych w Sierra Leone pod opieką misjonarzy. Niektórzy z nich zaczęli migrować z powrotem z Sierra Leone w poszukiwaniu domu i handlu. Zaprosili misjonarzy, by podążyli za nimi, a w latach 40-tych XIX wieku stali się dostępni jako agenci, którzy pozwolili misjonarzom i brytyjskim kupcom uzyskać dostęp do takich miejsc jak Lagos, Abeokuta, Calabar, Lokoja, Onitsha, Brass i Bonny. W 1841 roku Brytyjczycy próbowali osiedlić część Egba na wzorcowej farmie w Lokoja, ale plan został przerwany, ponieważ śmiertelność wśród europejskich urzędników była tak wysoka. Częściowo w celu ochrony Egba Brytyjczycy ostrzelali Lagos w 1851 roku, wyrzucili panującego boba Kosoko i przywrócili jego wuja, Akitoye, który okazał się bardziej skłonny do przyłączenia się do kampanii na rzecz zniesienia handlu niewolnikami. Brytyjczycy zaanektowali Lagos w 1861 r., aby chronić syna i następcę Akitoye, udaremnić powrót Kosoko i zabezpieczyć bazę dla dalszych działań.
Brytyjczycy nie byli jeszcze skłonni ponosić kosztów utrzymania administracji w Nigerii. Aby zmniejszyć koszty, Lagos było zarządzane najpierw z Freetown w Sierra Leone, wraz z fortami Złotego Wybrzeża, takimi jak Elmina, a później z Akry (w dzisiejszej Ghanie); dopiero w 1886 roku Lagos stało się oddzielną kolonią. W Fernando Po utrzymywano konsula, który nadzorował lukratywny handel olejem palmowym w regionie zwanym Oil Rivers. Aktywni byli misjonarze: Prezbiterianie w Kalabarze i Church Missionary Society (CMS), Metodyści i Baptyści w Lagos, Abeokuta, Ibadan, Oyo i Ogbomoso. CMS było pionierem handlu na Nigrze, zachęcając szkockiego odkrywcę i kupca Macgregora Lairda do prowadzenia miesięcznego parowca, który zapewniał transport dla agentów misyjnych i kupców z Sierra Leone, płynących w górę Nigru. W ten sposób biskup Samuel Ajayi Crowther – urodzony w zamieszkanym przez Jorubów obszarze Oshogbo i pierwszy Afrykanin wyświęcony przez CMS – był w stanie założyć stacje misyjne w Onitsha, Lokoja i Eggan, a później w Brass i Bonny.
Do lat 70. XIX wieku handel na Nigrze stawał się opłacalny i kilka francuskich firm zwróciło na niego uwagę. Francuscy misjonarze rzymskokatoliccy, założeni w Ouidah (Whydah), przybyli do Lagos i rozważali pracę misyjną nad Nigrem. Brytyjczycy zareagowali na takie dowody rywalizacji, broniąc swojego prawa do swobodnej żeglugi na rzece na Konferencji Berlińskiej Afryki Zachodniej w latach 1884-85. W tym samym czasie George Dashwood Goldie, brytyjski biznesmen, wykupił wszystkich francuskich rywali i stworzył Królewską Kompanię Nigru (zarejestrowaną w 1886 r.), aby kontrolować handel na Nigrze i zarządzać ogromnymi terytoriami kalifatu Sokoto i Borno. Ponadto ogłoszono dwa inne protektoraty, jeden nad rzekami Oil Rivers, a drugi nad zapleczem Lagos, aby utwierdzić się w przekonaniu, że te obszary są również brytyjskimi „sferami interesów”
Granice obu protektoratów i terytoriów Królewskiej Kompanii Nigru były trudne do określenia, ale napięcie zostało złagodzone w 1894 roku, kiedy oba podmioty zostały połączone w Protektorat Wybrzeża Nigru. Rywalizacja między Królewską Kompanią Nigru a Protektoratem Lagos o granicę między emiratem Ilorinu a imperium Ibadanu została rozwiązana wraz z uchyleniem statutu Królewskiej Kompanii Nigru 1 stycznia 1900 roku, w zamian za szerokie koncesje na wydobycie minerałów.
Na północy Frederick Lugard, pierwszy wysoki komisarz Nigerii Północnej, odegrał kluczową rolę w podporządkowaniu sobie emirów Fulani. Niektórzy zostali obaleni, inni pokonani w bitwie, a jeszcze inni współpracowali. Do 1903 roku podbój emiratów był zakończony. Otoczone murami miasto Kano zostało zdobyte w lutym, a po energicznej potyczce pod Kotorkwashi, stolica sułtana, Sokoto, padła w następnym miesiącu. Wszystkie terytoria znalazły się pod kontrolą brytyjską i rozpoczęło się poszukiwanie tożsamości, najpierw jako Nigeria Północna i Południowa, a następnie w wyniku ostatecznej amalgamacji.
Brytyjska penetracja Nigerii spotkała się z różnymi formami oporu w całym kraju. Na południu Brytyjczycy musieli stoczyć wiele wojen, zwłaszcza z Ijebu (grupa Jorubów) w 1892 roku, z Aro ze wschodniego Igbolandu i, do 1914 roku, z Aniocha z zachodniego Igbolandu. Na północy wiele emiratów nie podjęło działań zbrojnych, ale obalony kalif, Atahiru I, zbuntował się w 1903 roku. Wielu muzułmanów uciekło się do migracji jako formy oporu, taktyki znanej jako hedżira, w której unika się tych postrzeganych jako niewierni.
Opór był silny w zachodnim Igbolandzie, gdzie toczono serię wojen przeciwko Brytyjczykom. Ekumeku, którzy byli dobrze zorganizowani i których przywódcy byli połączeni przysięgami tajemnicy, skutecznie wykorzystywali taktykę partyzancką do atakowania Brytyjczyków. Ich siły, które składały się z setek młodych Igbo ze wszystkich części regionu, stwarzały Brytyjczykom wiele problemów, ale Brytyjczycy stosowali taktykę siły i ciężkiego uzbrojenia (niszcząc domy, farmy i drogi), aby zwyciężyć. Ekumeku stało się jednak wielkim źródłem nacjonalizmu Igbo.
J.F. Ade Ajayi Toyin O. Falola