Późniejsze badania epidemiologiczne sugerowały, że EMS był związany z określonymi partiami L-tryptofanu dostarczanymi przez jednego dużego japońskiego producenta, firmę Showa Denko. W końcu stało się jasne, że ostatnie partie L-tryptofanu firmy Showa Denko były zanieczyszczone śladowymi zanieczyszczeniami, które następnie uznano za odpowiedzialne za wybuch EMS w 1989 roku. L-tryptofan był produkowany przez bakterię hodowaną w otwartych kadziach w fabryce nawozów Showa Denko. Chociaż ostatecznie zidentyfikowano 63 śladowe zanieczyszczenia, tylko sześć z nich można było powiązać z EMS. Związek EBT (1,1′-etylideno-bis-L-tryptofan, znany również jako „Pik E”) był jedynym zanieczyszczeniem możliwym do zidentyfikowania w wyniku wstępnej analizy, ale dalsza analiza ujawniła PAA (3-(fenyloamino)-L-alanina, znana również jako „UV-5″) i pik 200 (2-L-tryptofan). Dwa z pozostałych niescharakteryzowanych pików związanych z EMS zostały później określone jako kwas 3a-hydroksy-1,2,3,3a,8,8a-heksahydropirolo–indol-2-karboksylowy (pik C) i 2-(2-hydroksyindolina)-tryptofan (pik FF). Zostały one scharakteryzowane przy użyciu dokładnych mas LC-MS, LC-MS/MS i wielostopniowej spektrometrii mas (MSn). Ostatnie z sześciu zanieczyszczeń (pik AAA/”UV-28”, będący „zanieczyszczeniem najbardziej znacząco związanym z EMS” został scharakteryzowany jako dwa powiązane izomery łańcuchowe; pik AAA1 ((S)-2-amino-3-(kwas 2-((S,E)-7-methylnon-1-en-1-yl)-1H-indol-3-yl)propanowy, produkt kondensacji pomiędzy L-tryptofanem i kwasem 7-metylonowym) oraz szczyt AAA2 ((S)-2-amino-3-(2-((E)-dec-1-en-1-ylo)-1H-indol-3-ylo)kwas propanowy, kondensat pomiędzy L-tryptofanem i kwasem dekanowym). Nigdy nie ustalono jednoznacznie żadnego spójnego związku pomiędzy jakimkolwiek określonym zanieczyszczeniem śladowym lub zanieczyszczeniami zidentyfikowanymi w tych partiach a skutkami EMS. Chociaż w szczególności EBT jest często wskazywany jako winowajca, nie ma statystycznie istotnego związku pomiędzy poziomami EBT i EMS. Spośród 63 zanieczyszczeń śladowych tylko dwa związki AAA wykazywały statystycznie istotne powiązanie z przypadkami EMS (z wartością p 0,0014).
Jako że większość badań koncentrowała się na próbach powiązania poszczególnych zanieczyszczeń z EMS, istnieje względny brak szczegółowych badań nad innymi możliwymi czynnikami sprawczymi lub przyczyniającymi się. Sam tryptofan został uznany za potencjalnie główny czynnik przyczyniający się do EMS. Chociaż krytycy tej teorii twierdzili, że hipoteza ta nie wyjaśnia prawie nieobecnych doniesień o EMS przed i po wybuchu EMS, nie uwzględnia ona nagłego, szybkiego wzrostu wykorzystania tryptofanu bezpośrednio przed wybuchem epidemii w 1989 roku i ignoruje silny wpływ spuścizny po wybuchu EMS oraz rozszerzonego zakazu FDA dotyczącego późniejszego wykorzystania tryptofanu. Co istotne, ignoruje to również istnienie szeregu przypadków EMS, które rozwinęły się zarówno przed, jak i po pierwotnej epidemii, w tym co najmniej jeden przypadek, w którym tryptofan został przetestowany i okazało się, że nie zawiera zanieczyszczeń znalezionych w zanieczyszczonych partiach tryptofanu firmy Showa Denko, jak również przypadki z innymi suplementami wywołującymi EMS, a nawet przypadek EMS wywołany nadmiernym spożyciem dietetycznego L-tryptofanu poprzez nadmierne spożycie orzechów nerkowca. Duża kanadyjska analiza zlokalizowała pewną liczbę pacjentów, którzy spełniali kryteria CDC dla EMS, ale nigdy nie byli narażeni na tryptofan, co „stawia pod znakiem zapytania przyczynowe interpretacje wcześniejszych badań”. Inne badania zwróciły uwagę na liczne poważne wady wielu badań epidemiologicznych dotyczących związku tryptofanu z EMS, które podają w wątpliwość ważność ich wyników. Jak stwierdziła FDA, „inne marki L-tryptofanu lub sam L-tryptofan, niezależnie od poziomu lub obecności zanieczyszczeń, nie mogły zostać wyeliminowane jako przyczyniające się do rozwoju EMS”. Nawet badania na zwierzętach sugerowały, że sam tryptofan „spożyty przez podatne osobniki, sam lub w połączeniu z innym składnikiem produktu, powoduje wystąpienie cech patologicznych w EMS”.
W momencie wybuchu epidemii firma Showa Denko wprowadziła ostatnio zmiany w swoich procedurach produkcyjnych, które uważano za związane z możliwym pochodzeniem zanieczyszczeń wykrytych w przedmiotowych partiach tryptofanu. Kluczową zmianą było zmniejszenie ilości węgla aktywnego używanego do oczyszczania każdej partii z >20 kg do 10 kg. Część zanieczyszczonych partii ominęła również inny etap filtracji, w którym do usuwania niektórych zanieczyszczeń stosowano odwróconą osmozę. Dodatkowo, kultura bakteryjna używana do syntezy tryptofanu była szczepem Bacillus amyloliquefaciens, który został genetycznie zmodyfikowany w celu zwiększenia produkcji tryptofanu. Chociaż poprzednie cztery generacje genetycznie zmodyfikowanego szczepu były wykorzystywane bez incydentów, piąta generacja wykorzystana w zanieczyszczonych partiach była uważana za możliwe źródło wykrytych zanieczyszczeń. Zostało to nadużyte do twierdzenia, że sama inżynieria genetyczna była główną przyczyną zanieczyszczenia, co zostało ostro skrytykowane za pominięcie innych znanych przyczyn zanieczyszczenia nie-GMO, jak również za wykorzystanie przez aktywistów anty-GMO jako sposobu na zagrożenie rozwoju biotechnologii fałszywymi informacjami. Zmniejszenie ilości stosowanego węgla aktywnego oraz wprowadzenie szczepu Bacillus amyloliquefaciens piątej generacji powiązano z rozwojem EMS, jednak ze względu na duże nakładanie się tych zmian nie można było określić dokładnego niezależnego wkładu każdej z nich (chociaż ustalono, że ominięcie filtracji w procesie odwróconej osmozy w przypadku niektórych partii nie było znacząco powiązane z zanieczyszczonymi partiami tryptofanu). Chociaż firma Showa Denko twierdziła, że jej czystość wynosi 99,6%, zauważono, że „ilości znanych zanieczyszczeń związanych z EMS, EBT i PAA, były niezwykle małe, rzędu 0,01%, i mogły łatwo wymknąć się wykryciu”.
Odpowiedź organów regulacyjnychEdit
FDA złagodziła swoje ograniczenia dotyczące sprzedaży i marketingu tryptofanu w lutym 2001 r., ale nadal ograniczała import tryptofanu nieprzeznaczonego do wyłączonego zastosowania do 2005 r.
Do 2005 r. FDA nie wprowadziła żadnych ograniczeń dotyczących sprzedaży i marketingu tryptofanu.