Al loro arrivo a Animal Junction, i fratelli Kratt (Chris e Martin Kratt) si sporgono dal finestrino e chiamano Zoboomafoo (o “Zoboo” in breve, e occasionalmente “Zob”), mostrato in un segmento live-action come un vero lemure (Jovian) che salta attraverso un campo per raggiungerli. Quando il lemure raggiunge Animal Junction, non parla con i fratelli Kratt fino a quando non gli danno uno spuntino, generalmente cibo adatto ai lemuri come fagioli di ceci, patate dolci o fette di mango. Dopo aver finito di mangiare il suo spuntino, prontamente rutta, dicendo: “Scusatemi”, e poi gira su una piattaforma girevole, gridando: “Zoboomafoo-oo-oo-oo-oo!” a quel punto diventa un pupazzo lemure parlante (doppiato da Robertson). Poi conduce il segmento principale dell’episodio descrivendo un “Mangatsika! (una parola malgascia che letteralmente significa “freddo”, ma usata nella serie per significare “fresco”) animale che ha visto sulla sua strada verso Animal Junction. Mentre descrive l’animale, viene eseguita una canzone, “Who Could It Be?”, mentre un cartone animato mostra le caratteristiche dell'”animale misterioso”. Alla fine della canzone, Chris e Martin cercano di indovinare l’animale che Zoboo ha descritto e il mistero viene rivelato quando l’animale o gli animali arrivano a Animal Junction.
Ogni episodio ha un tema. Per esempio, i piccoli animali, gli animali spaventosi o l’importanza del gioco. L’arrivo dell'”animale misterioso”, generalmente usato come esposizione, conduce Zoboo, Chris e Martin in una conversazione sull’animale. Almeno una volta ogni episodio (due volte nella maggior parte degli episodi), Zoboo dice che qualche evento in Animal Junction gli ricorda un tempo in Zobooland, dove racconta storie sui suoi migliori amici in Zobooland, come Narchi (una creatura simile a un formichiere), Gooble (una creatura simile ad un orso che mangia goobleberries), Sensit (un lemure che tipicamente gioca in giro), Wiggy Waxwing (una creatura simile ad un uccello che ama cantare e mangiare noodles alle radici), Green Puppy (un cucciolo verde come dice il nome), Slimantha (una creatura simile a una salamandra), Noggin Drill (una creatura simile a una talpa che usa il suo corno a forma di trapano), Snow Lemur (un lemure che vive su una montagna), Baby Zoboomafooasaurus e Mama Zoboomafooasaurus (dinosauri, che appaiono in CGI, su cui gli animali spesso giocano), Buggly (un insetto che Zoboo cavalca), Fibby (una creatura marina con diverse parti tra cui un tentacolo e una gamba di granchio) e Cy (un calamaro levitante con un occhio solo introdotto nella seconda stagione). Questi segmenti sono animati, utilizzando l’animazione in argilla e presentano voci distinte per ogni personaggio.
Dopo la prima storia di Zobooland, Zoboo, Chris e Martin ricevono una lettera dagli Animal Helpers (Jackie nella prima stagione e Amy nella seconda stagione), che mostrano ai bambini come aiutare gli animali. Questo porta Chris e Martin ad andare a visitare le creature legate al tema, iniziando sempre con la canzone “Going to the Closet” cantata da Zoboo (e talvolta dai personaggi di Zobooland). Alla fine di ogni episodio, Zoboo e i fratelli concludono cantando “Animal Friends”, una canzone che spiega perché gli animali sono amici di tutti, nonostante siano specie diverse. Infine, Zoboo si ritrasforma in un lemure normale e torna alla sua casa in Madagascar. Chris e Martin lasciano anche Animal Junction per dimostrare meglio il tema del giorno, viaggiando in una regione, spesso in India o in Africa, per visitare le creature lì.
Prima dei titoli di coda di ogni episodio, i bambini mostrano e raccontano agli spettatori i vari animali e gli animali domestici che hanno, e viene suonato un disclaimer che dice agli spettatori che dovrebbero stare attenti agli animali che incontrano. Poi Chris e Martin menzionano fatti relativi agli animali che portano Zoboo ad una battuta. Esempio: “Toc toc. Chi è? Pantera. Pantera chi? Pantera senza pantaloni, vado a nuotare!”. Il disclaimer e la battuta sono stati eliminati per le trasmissioni non-PBS (escluse le visioni On Demand e PBS Kids Sprout).