Desarrollo embrionario y determinación del sexo
La viviparidad, o el nacimiento de crías vivas, se da en algunas especies de lagartijas. En el caso de los eslizones, esto ocurre en un tercio de las especies, muchas de las cuales viven en climas tropicales. En la mayoría de las otras familias que tienen representantes con vida, las especies que están expuestas frecuentemente a condiciones de frío -ya sea a gran altitud o en latitudes extremas- tienden a ser portadoras de vida. Por ejemplo, todas las salamanquesas de Nueva Zelanda tienen crías vivas, pero todas las demás ponen huevos. Existe una gran diversidad de mecanismos que dan lugar a la producción de crías vivas. En algunos lagartos, la única diferencia entre la puesta de huevos (oviparidad) y la cría viva (viviparidad) es que nunca se forman cáscaras alrededor de los «huevos». La hembra los retiene dentro del oviducto hasta que se completa el desarrollo, y cada huevo ya contiene toda la energía necesaria para el desarrollo en su gran yema. En estos casos, no pasan nutrientes adicionales de la madre a la cría.
En otros lagartos, los huevos liberados del ovario contienen la mayor parte, pero no toda, la energía necesaria para el desarrollo en la yema. Se pueden desarrollar varios tipos de placenta, dependiendo de la especie de lagarto. El resultado es que algunos nutrientes pasan de la madre a la cría durante el desarrollo. En unas pocas especies, como la Mabuya heathi, se liberan del ovario huevos diminutos casi sin yema que se depositan en el oviducto. Se desarrolla una placenta avanzada y compleja, y más del 99% de los nutrientes necesarios para el desarrollo embrionario pasan de la madre a la cría. En estas especies el periodo de gestación suele ser muy largo ( 8-12 meses).
El sexo en la mayoría de los lagartos está determinado genética y rígidamente; una cría normalmente tiene estructuras reproductivas masculinas o femeninas. En los representantes de la mayoría de las familias de lagartijas iguanas (Iguania) y en algunas especies de lagartijas, tegus, geckos y eslizones, los machos tienen cromosomas sexuales disímiles, comparables al sistema de cromosomas sexuales de la mayoría de los mamíferos. Algunas hembras de geckos y lagartos de pared y todos los lagartos monitor tienen diferencias en los cromosomas sexuales similares a las de las serpientes. En unas pocas especies de lagartos (algunos iguánidos, gecos y lagartos de pared) no existen cromosomas sexuales. Dependen de la determinación del sexo dependiente de la temperatura (TSD), es decir, las temperaturas que se producen dentro del nido durante el desarrollo de los huevos controlan el sexo de las crías.