Rozwój embrionalny i determinacja płci
Wiviparność, czyli rodzenie żywych młodych, występuje u niektórych gatunków jaszczurek. W przypadku skinksów dotyczy to około jednej trzeciej gatunków, z których wiele żyje w klimacie tropikalnym. W większości innych rodzin, które mają przedstawicieli żyworodnych, gatunki, które są często narażone na działanie zimna – albo na dużych wysokościach, albo na skrajnych szerokościach geograficznych – są żyworodne. Na przykład, wszystkie gekony nowozelandzkie rodzą żywe młode, podczas gdy wszystkie inne składają jaja. Istnieje duża różnorodność mechanizmów, które prowadzą do produkcji żywych młodych. U niektórych jaszczurek jedyną różnicą między składaniem jaj (oviparity) a rodzeniem żywych (viviparity) jest to, że wokół „jaj” nigdy nie tworzą się skorupy. Samica zatrzymuje je w jajowodzie aż do zakończenia rozwoju, a każde jajo zawiera już w swoim dużym żółtku całą energię potrzebną do rozwoju. W tych przypadkach żadne dodatkowe składniki odżywcze nie przechodzą od matki do potomstwa.
W innych jaszczurkach jaja uwalniane z jajnika zawierają większość, ale nie całą energię niezbędną do rozwoju w żółtku. W zależności od gatunku jaszczurki może rozwinąć się kilka rodzajów łożysk. W wyniku tego niektóre składniki odżywcze przechodzą w trakcie rozwoju z matki na potomstwo. U nielicznych gatunków, takich jak Mabuya heathi, z jajnika uwalniane są maleńkie jaja prawie pozbawione żółtka i składane w jajowodzie. Rozwija się zaawansowane i złożone łożysko, a ponad 99 procent składników odżywczych potrzebnych do rozwoju embrionalnego przechodzi od matki do potomstwa. U tych gatunków okres ciąży jest zwykle bardzo długi (8-12 miesięcy).
Płeć u większości jaszczurek jest genetycznie i sztywno zdeterminowana; wylęgający się osobnik ma zwykle albo męskie, albo żeńskie struktury rozrodcze. U przedstawicieli większości rodzin jaszczurek iguańskich (Iguania) oraz u niektórych gatunków biczogonów, tegusów, gekonów i skinksów samce mają odmienne chromosomy płciowe, porównywalne z układem chromosomów płciowych większości ssaków. Niektóre samice gekonów i jaszczurek ściennych oraz wszystkie jaszczurki monitorujące mają różnice w chromosomach płciowych, które są podobne do tych występujących u węży. U kilku gatunków jaszczurek (niektóre legwany, gekony i jaszczurki ścienne) chromosomy płciowe nie istnieją. Polegają one na zależnej od temperatury determinacji płci (TSD) – to znaczy, że temperatury występujące w gnieździe podczas rozwoju jaj kontrolują płeć wylęgających się osobników.